موزه تاريخ طبيعي اردبيل از بخشهاي زير تشكيل شده است.

•    بخش دوران آفرينش كه بيننده را با دورانهاي مختلف زمين‌شناسي و تكميل و تكامل كره زمين آشنا ميكند.
• ديوراماهاي زيست بومهاي دشتي- تالابي و كوهستاني ، دو نمونه از زيستگاهاي حياط وحش استان در دو مجموعه طراحي و سعي شده جانوران در محيط طبيعي خود به طريقي نشان داده شود كه نمايانگر ارتباط جانوران با محيط زيست خود باشد. 
•   در اين مركز 86 گونه پرنده ، 18 گونه پستاندار ، 6 گونه خزنده ، 15 گونه ماهي و 2 گونه از بندپايان و گونه‌هاي متعددي از پروانه‌ها به صورت تاكسيدرمي- هدمانت، پانل و آكواريومي و نيز شمار قابل توجهي از سنگها و سنگواره‌ها در معرض ديد بازديدكنندگان قرار گرفته است.

حمام آقانقي تا دهة چهل قرن چهارده شمسي داير بود اما وسعت آن بدليل خيابان‌كشي تقليل قابل ملاحظه‌اي يافته و بخش زنانه آن بكل از ميان رفته بود. در سال 1376 اين بنا به اهتمام ادارة كل ميراث فرهنگي استان اردبيل بشمارة 1896 در فهرست آثار ملي به ثسبت رسيد و با انجام مرمتهاي لازم در سال 78 بعنوان موزة مردم‌شناسي اردبيل افتتاح گرديد. اين مجموعه دربرگيرنده گنجينه مردم‌شناسي استان، از قبيل؛ ابزار و آلات مورد استفاده زندگي در گذشته، لباسهاي محلي، آثار تاريخي و... ميباشد.